Mycochrome

 

 

Introduction

Mycochrome bénéficie de l’expérience acquise avec l’utilisation de la fonction de mesure de couleur de Mycomètre V1.05.

Outre l’interface plus agréable à utiliser, cette nouvelle fonction de Mycomètre V2 apporte au moins deux avantages essentiels :

- étalonnage en couleur des scanners (profil) et correction automatique des données (abandon de la méthode de correction par balance des blancs : l’expérience  faite avec la version 1.05 a montré que cette correction est illusoire compte tenu de la non linéarité de la réponse des capteurs)

- utilisation de nouveaux espaces colorimétriques mieux adaptés aux calculs des écarts et aux besoins du naturaliste.

Le mode d’ajustement automatique a été particulièrement amélioré puisqu’il prend en compte désormais ces divers espaces colorimétriques et qu’il permet les recherches à l’aide de divers algorithmes de calculs d’écarts colorimétriques normalisés.

 

L’intérêt des mesures calibrées est que

 

- il y aura possibilité d’échange entre Mycologues de « nuanciers virtuels » (ex Codes Romagnesi, Dagron etc. ... certains étant devenus introuvables)

- de mémoriser des valeurs colorimétriques indépendantes du scanner (vieillissement ou changement)

- il sera possible de comparer des couleurs de sporées, par exemple,  mesurées à l’aide de scanners différents.

 

En effet, bien qu’il soit possible d’effectuer de simples corrections de « balance des blancs » (comme le font déjà Mycomètre V1.05 et la plupart des logiciels de traitement d’image), il est très peu probable que la réponse de votre système de numérisation (Scanner ou APN) ait une réponse parfaitement « linéaire » (cette non linéarité provient du couple capteur/optique-associée et surtout de la qualité de la lumière incidente). Il est donc impératif d’appliquer aux données fournies par votre Scanner une correction personnalisée.

 

L’interface Mycochrome

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Mesures en mode non calibré

 

Il s’agit de la fonction de mesure qui était disponible sur la version 1.05.

Décocher l’onglet « calibré ».

 

Depuis le menu principal de Mycomètre, ouvrir la fonction Mychochrome.

Charger l’image à mesurer.

 

Dans cette fonction, le curseur apparaît sous forme d’un carré de taille ajustable (choisir dans « options Mycochrome »). Il est souhaitable de prendre le carré le plus grand possible. En effet la mesure de couleur obtenue est la moyenne des mesures effectuées sur chaque pixel du carré.

 On peut, évidemment, effectuer des mesures en différents endroits. Il est possible, mais déconseillé, de changer la taille des carrés de mesure dans une même grille.

Si la taille des carrés de mesure est identique, la moyenne affichée dans la partie statistique est la valeur moyenne des mesures de chaque pixel.

(nb : il est prévu, pour une mise à jour future, de pondérer les valeurs de différentes lignes, ce qui permettra le mélange des tailles des carrés de mesure).

 

Les résultats des mesures sont affichés dans la grille de mesure comme pour les autres fonctions de Mycomètre. Si la grille comporte plusieurs lignes, Mycostats permettra d’analyser les résultats.

 

Dès qu’une mesure est effectuée, la procédure le bouton « Ajustement »  donne accès aux procédures de comparaison automatique de vos résultats avec un nuancier de référence colorimétrique.

 

Ajustement

 

Le but est de comparer une donnée colorimétrique mesurée avec un nuancier de référence.

 

La notion de distance en colorimétrie n’est pas un concept élémentaire. Mycochrome permet les mesures de distance selon différents critères normalisés (évolution prévue).

 

La comparaison est automatique. Mycochrome donne la valeur du nuancier de référence la plus proche de la valeur mesurée. On peut obtenir également les valeurs voisines, rangées par ordre croissant d’écart.

 

L’ajustement est opérationnel en mode calibré ou non calibré.

 

Pour plus de détails, voir le paragraphe Ajustement en mode calibré (les fonctionnalités sont les mêmes)

 

Mesures en mode calibré

Cocher l’onglet « calibré ».

Pré requis : vous devez disposer d’une charte d’étalonnage (nuancier calibré  et fichier de données associé)

Espaces colorimétriques

 

Selon les interface de capture et les applications différents espaces colorimétriques peuvent être utilisés, chacun ayant ses avantages et ses inconvénients. Mycochrome actuellement utilise 2 espaces colorimétriques.

 

L’espace RVB

(Ou RGB pour les anglo-saxons)

C’est l’espace colorimétrique utilisé par  votre scanner ou votre APN. Les composantes qu’il fournies dépendent directement des mesures du capteur.

 

 L’espace  Cie Lab*

Espace utilisé en industrie graphique en particulier.

Les autres espaces ne seront pas abordés dans ce document.

 

 

 

Les espaces RVB et CieLab  ne recouvrent pas les mêmes étendues colorimétriques

Intérêt de l’espace colorimétrique  « Cie Lab »

 

Les coefficients  RVB dépendent de la couleur de l’objet mais aussi de la lumière illuminante et de tous éléments de la chaîne de numérisation.

 

Contrairement à l’espace RVB, l’espace Lab est indépendant du matériel utilisé.

 

Principe du calibrage de l’appareil de numérisation

 

 

Une Charte d’étalonnage Couleur sur papier et son fichier associé sont nécessaires pour effectuer des mesures calibrées (création d’un « profil »)

 

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Il vous appartient d’effectuer au départ la numérisation de la Charte d’étalonnage Couleur.

Les mesures ainsi obtenues permettent à Mycochrome de prendre en compte et corriger tous les défauts introduits par la chaîne de numérisation.

 

 

Différence entre un Nuancier et une Charte :

 

Un nuancier « papier » consiste en une feuille imprimée de pastilles de couleurs de référence qui permet d’effectuer des comparaisons de visu.

Une Charte est constituée d’un nuancier ET d’un protocole associé.

 

La Charte d’étalonnage que nous allons utiliser  consiste en un nuancier papier adressé par voie postale  et d’un fichier de données associé.

Les mesures du nuancier de la charte ont été effectuées à l’aide d’un Spectrophotomètre[1] professionnel.

A la rigueur, une fois votre scanner étalonné, vous êtes ‘théoriquement’ en mesure de créer une charte personnelle (il suffit de mesurer en mode calibré) . Mais il est clair que la précision de cette nouvelle charte souffrira des approximations cumulées.

 


Eléments de la chaîne de numérisation des  couleurs

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Etalonnage du scanner

 

Pré requis :

Vous devez disposer d’une charte d’étalonnage à savoir un nuancier sur papier, adressé par voie postale,  et le fichier des données associé  (par ex : Etaloncouleur.Etl)

 

Le nuancier est constitué d’un rectangle de pastilles de couleur référencé. Le fichier de données associé doit porter la même référence.

 

Premier étalonnage du Scanner

 

0) Copier le fichier « Etaloncouleur.Etl » dans le répertoire du programme (celui qui contient Mycm.exe)

 

1)  avec votre scanner  effectuer une numérisation couleur de la charte d’étalonnage et la sauver dans le fichier de votre choix (par ex  « Etaloncouleur.jpg »). Noter soigneusement les différents réglages du scanner.

 

2) charger l’image obtenue dans Mycomètre et choisir la fonction « Mycochrome »

 

3) a/ mode automatique (non encore opérationnel)

……….

b/ mode manuel (opérationnel et rapide)

Effectuer la mesure couleur de chaque élément de la charte d’étalonnage.  

 

On fera en sorte de choisir la taille de l’échantillon de couleur la plus grande possible et on fera 1 seule mesure par pastille, à partir la pastille la plus sombre, sans déborder. (Voir  menu Mycochrome/ Zone échantillon couleur)

 

Séquence impérative :

Coin marqué (coupe en biseau) en haut, à gauche.

 

Mesurer les pastilles successivement 

- de gauche à droite  (la ligne supérieure la première)

- de haut en bas    (les autres lignes successivement)

 

 4) dans  le menu Mycochrome faire «Valider le calibrage Scanner »

 

Il vous sera demandé de choisir un nom de fichier associé à votre scanner, par ex « scanner_1»  (il est possible d’avoir plusieurs scanners différents)

 

5) dans le menu « fichier », faire « sauver les paramètres »

 

Si toutes les opérations ont été bien conduites,  Mycochrome opérera désormais par défaut en mode étalonné et fournira désormais des mesures de couleur corrigées.

 

Etalonnage complémentaire

Dans le cas particulier où vous disposez de plusieurs scanners (voir aussi la remarque au sujet des APN) ou si vous souhaitez effectuer un nouvel étalonnage, on procédera ainsi :

 

Nous sommes alors dans le cas où Mycochrome a déjà été étalonné. La case « étalonné » est cochée et toutes les mesures sont automatiquement corrigées.

Décocher la case «Calibré »  et effectuer l’étalonnage comme décrit ci-dessus

Choix du fichier scanner

Un fois le fichier étalon chargé, on choisira  « charger un fichier scanner » dans le menu Mycochrome.

Si on dispose de plusieurs scanners, chacun sera étalonné séparément.

Ajustement

 

Mycochrome n’a pas pour but d’effectuer de simples mesures de couleur que chacun peut effectuer avec la plupart des logiciels de dessin disponibles.

Outre les possibilités de correction des données mesurées en fonction de votre appareil de numérisation (prise en compte du « profil »), Mycochrome permet de comparer la couleur mesurée avec les différentes couleurs proposées par un nuancier  (Codes Romagnesi, Dagron etc... ou autres  nuanciers utiles au mycologue ou au naturaliste en général). La pratique de l’ajustement avec la version 1.05 a montré qu’il est très facile de séparer des couleurs de sporées quasiment identiques de visu.

 

 

En pratique :

 

Les options Mycocharte du menu principal

 

Ces options apparaissent après le choix de la fonction Mycochrome

Charger nuancier

 Le nuancier n’est pas sauvé avec les paramètres. Le charger avant d’appeler Ajustement.

 

Sauver Nuancier

 Pour sauver un nouveau nuancier ( en mode calibré, en principe)

Zone échantillon couleur

Taille de la zone de mesure de la couleur. Disponible auusi avec les flèches  sur la barre d’outils de la fonction Mycochrome

Charger un étalon Couleur

      Si nouveau , sauvé avec les paramètres

Charger un fichier Scanner

      Si nouveau , sauvé avec les paramètres

Valider le calibrage scanner

Sauvegarde de l’étalonnage de votre scanner ( effectué en NON calibré)

 

 

 

On suppose que vous disposez d’un nuancier virtuel («  *.Nua », voir ci-dessus)

 

Effectuez une ou plusieurs mesures de couleur d’une sporée déposée, par exemple.

Pressez le bouton « Ajustement » : une nouvelle fenêtre s’ouvre.

 

 

 

Par défaut l’ajustement se fait en calculant l’écart  « delta CIE Lab ».

 

Le meilleur ajustement de couleur est affichée dans la fenêtre de résultats (7)  Vous pouvez chercher les couleurs voisines en augmentant le nombre de résultats (4). Chaque écart est affiché.

 

Deux espaces colorimétriques (1) et plusieurs normes d’écarts (2) sont proposés. Chaque norme d’écart est adaptée à un type d’usage particulier. Actuellement aucune norme n’est prévue pour les mesures en mycologie et de sporées en particulier (et pour cause !). Vous choisirez donc le Delta qui semblera  vous convenir le mieux (l’auteur apprécierait de connaître votre conclusion sur ce sujet). D’autres deltas pourront être ajoutés ultérieurement.

 

Si vous avez effectué plusieurs mesures, il vous est possible de calculer l’écart 

- par rapport à la moyenne des mesures (par défaut) (3)

- par rapport à la dernière mesure

- par rapport à une mesure particulière (préciser le numéro de ligne)

 

En cochant la case « mode expert »  vous pouvez également entrer indépendamment les données colorimétriques au clavier.

 

 Il est intéressant de remarquer que pour un résultat multiple les résultats peuvent différer selon la norme de delta utilisé. Notre expérience actuelle a cependant montré que le premier résultat (la couleur la plus proche) est pratiquement toujours le même.

 

NB : on ne pourra comparer les valeurs des écarts que dans un même choix de norme d’écart.

 

Comparaison entre sporées :

Il est prévu d’implanter cette possibilité de comparaison qui existait déjà sur la version 1.05.

 

Il est toujours possible, provisoirement, d’effectuer cette comparaison avec l’outil d’ajustement.

 

On pourra procéder ainsi :

Faire une seule mesure par échantillon (on choisira la plus grande surface possible, l’expérience a montré que c’est suffisant)

 Dans la fenêtre d’ajustement, on pourra choisir la ligne de mesure désirée (choisir  (3) N° de grille)

 

Copie des résultats

 

Le bouton « copier » copie la fenêtre des résultats dans le presse papier.

Réciproquement, il est possible de coller le contenu du presse papier dans la fenêtre en cours.

 

Détails nuancier

Affichage des renseignements sauvés avec le fichier nuancier (6)

 

 

Création d’un Nuancier virtuel

 

Les nuanciers  sont traditionnellement des nuanciers imprimés sur papier (ex code  des couleurs de Romagnesi, de Dagron,  code Munsell etc.).

Mycochrome permet de travailler en ’local’, c’est à dire avec vos nuanciers personnels.

 

Mycochrome utilise aussi (et c’est une des raisons de la mise en œuvre de cette mise à jour)  des nuanciers virtuels élaborés à partir des nuanciers papier. Il suffit que l’un des possesseurs d’un nuancier papier diffuse ce fichier dans sa forme virtuelle. Il aura, évidemment, étalonné son scanner auparavant.

 

Pré requis : il est souhaitable que votre scanner ait été calibré en couleurs (la case « calibré » est cochée) sinon vos nuanciers ne seront pas échangeables.

 

En effet, bien qu’il soit possible de travailler sur des  nuanciers personnels (ce qui suppose que vous avez calibré vous même votre nuancier papier et que vous faites vos mesures avec le même scanner qui a mesuré le nuancier), il est souhaitable de pouvoir s’échanger les nuanciers virtuels (cas des nuanciers devenus introuvables dans le commerce).

 

La sauvegarde et l’utilisation des nuanciers en mode non calibré (c’est ainsi que fonctionnait  la version 1.05 de Mycomètre) restent donc possible, mais déconseillées.

 

Vérification du fichier couleur actifs

Dans le menu principal de Mycomètre, presser « voir Options »

 

Utilisation d’un nuancier existant :

Menu « Mycochrome/charger nuancier ».

Les ajustements de couleurs seront effectués par comparaison avec le nuancier choisi.

Le nuancier peut être chargé automatiquement au démarrage si, après chargement, on activé « fichier/sauver les paramètre »

 

 

Création d’un nouveau nuancier :

 

1) vérifier que vous êtes en mode « calibré » (voir ci-dessus)

2) charger l’image du nuancier dans Mycomètre et choisir la fonction « Mycochrome »

3) effectuer la mesure couleur de chaque élément du nuancier.

 

 

On fera en sorte de choisir la taille de l’échantillon de couleur (voir  menu Mycochrome/ Zone échantillon couleur) la plus grande possible et on fera 1 seule mesure par pastille, en séquence, de préférence à partir de la pastille la plus claire, sans déborder.

Il est déconseillé de changer la taille de la zone couleur en cours de mesure.

 

Commentaires

 

Il est possible d’entrer des commentaires pour chaque ligne de la grille ? Ce sont ces commentaires qui seront affichés lors des ajustements automatiques de couleurs (ex : II a, II b, rouge cerise  etc...).

 

Faire « menu/options/commenter la grille »

            Le changement de numéro de ligne valide automatiquement le contenu de la ligne précédente. (Ne pas oublier de sauver le nuancier !)

Nb : en cas d’oubli, il sera encore possible de le faire ensuite avec un éditeur de texte)

 

 Dans  le menu Mycochrome faire « Sauver le nuancier ».

Il vous sera demandé de choisir un nom de fichier associé au nuancier, par ex. « Nuancier_XYZ »

 

Sauver la trame éventuellement.

 

Modification ou ajout de commentaires en différé

 

Si vous avez pris la précaution de sauver la trame, il vous suffit de recharger la trame.

Sinon, il est possible d’ajouter les commentaires avec un éditeur de texte

 

- Renommer le fichier « xx.nua » en « xx.txt » :

- L’ouvrir dans Word ( ou notepad)

- entrer les commentaires après la dernière donnée numérique

Ex : 1; 253.68; 252.62; 251.88; 99.24; 0.64; -0.5; 16; 1; Leucosporées a-sp.blanche;

 Sauver et renommer le fichier en « xx.nua »

Résumé

 

En mode non calibré, vous pouvez calibrer et créer vos propres nuanciers avec les nuanciers couleur sur papier dont vous disposez.

 

Mais les nuanciers que vous avez ainsi créés vous sont dépendants de votre scanner et ne sont ni échangeables, ni utilisables avec un autre scanner (sauf, évidemment si vous prenez le risque d’avoir de grosses erreurs d’ajustement)

 

Vous n’avez pas besoin d’étalonner votre scanner et donc vous n’avez besoin ni de charte d’étalonnage ni de fichier « *.etl ».

 

 En mode calibré,

Vous devez disposer d’une charte d’étalonnage sur papier et du fichier de mesure « *.etl » associé.

Il faut étalonner, une fois seulement, votre scanner.

Après avoir sauvé les paramètres, vous opérerez comme en mode non calibré.

L’étalonnage du fichier  scanner (« *.scn ») doit d’effectuer en mode « non-calibré ».

La création d’un nouveau nuancier doit se faire en mode « calibré ». Les nuanciers ainsi créés seront échangeables et utilisables avec un autre scanner.

Il peut être utile  de vérifier votre fichier scanner de temps en temps (vieillissement de la lampe).

 

Au chargement d’un nouveau nuancier, Mycomètre reconnaît s’il a été sauvé en mode calibré ou non.

Il est possible de « forcer » le mode calibré en cochant la case « mode expert ». Cependant les résultats des mesures obtenues seront imprévisibles.

Les fichiers Etl, Scn et Nua doivent être stockés dans le répertoire de l’exécutable.

 

Préparation des sporées

 

Zone de Texte:   Nous procédons de la manière suivante :

Les sporées issues de sporulation naturelle sont déposées en tas sur une lame puis recouverte, à sec, d’un couvre lame. Blocage au papier adhésif sur le bord. Ajout d’une étiquette portant les références utiles.

 

Dans une feuille de papier nous découpons une fenêtre légèrement plus petite que la lame. Nous y posons la lame, la sporée vers le bas. Le but est d’éviter le risque de rayer la vitre du scanner avec la lame.

 

Déposer sur le scanner et recouvrir d’une feuille de papier de teinte neutre genre Canson (Blanc ou noir de préférence ; pour vérifier  que le noir n’a pas de teinte non neutre scanner la feuille et vérifier que les  coefficients RVB corrigés sont sensiblement égaux ).

 

La mesure en mode « relatif »

 

Dans l’espace RVB deux modes de mesures sont disponibles : Absolu Ou Relatif

Dans le mode absolu, on compare simplement les trois valeurs RVB de l’échantillon et du nuancier de référence.

Nous avons testé fréquemment l’option Relatif avec la version 1.05. Nous avons vérifié qu’elle permet des ajustements presque quasi-indépendants de la répartition de la sporée.

Le principe est le suivant : après avoir calculé la valeur de la Luminance de l’échantillon mesuré  nous comparons ses trois chrominance relatives aux chrominance relatives du nuancier de référence. Cette option a été également efficace, en mesurant sur fond noir, pour ajuster des sporées très claires, ce qui limite l’influence relative de la couleur du verre.

Exercices de prise en main

 

3 fichiers sont fournis à titre d’exercice :  *.Etl, *.SCn, *.Nua

Ces fichiers seront à effacer après l’installation définitive

 

Au démarrage de Mycomètre, un message avertit (provisoirement)  que certains fichiers n’ont pas été trouvés  (c’est normal).

 

Faire  « menu/fonction/Mycochrome »

Un message avertit que le nuancier n’a pas été trouvé 

 

Mesures non calibrées :

 

« Menu/options Mycochrome/ charger nuancier »

 

Charger le nuancier disponible en exemple

Charger  une image de sporée

Mesurer  et ajuster

 

Mesures calibrées :

Simulation d’une mesure calibrée (en attendant la livraison de la charte étalon couleur)

 

« Menu/options Mycochrome/ charger un étalon couleur »

 

à la fin du chargement, un message en rouge prévient qu’il faut recharger le fichier  d’étalonnage du scanner (« Scn »)

 

« Menu/options Mycochrome/ charger un fichier scanner »

 

A la fin du chargement, la case « calibré » est autorisée

 

Faire « menu/fichier/ sauver les paramètres »

 

L’onglet « calibré » permet maintenant de choisir d’effectuer les mesures en mode non-calibré ou calibré ( par défaut, conseillé) 

 

Ultérieurement,

 mise en oeuvre des chartes d’étalonnage couleur

 

Charger le fichier image d’étalonnage dans un répertoire quelconque (celui de Mycomètre, par exemple) et charger dans le répertoire de Mycomètre le fichier d’étalonnage associé

 

1/ menu/options Mycochrome/ charger un étalon couleur  (=> la case « calibré » est alors interdite)

 

2/ étalonnage du scanner :  voir ci-dessus

 puis  « menu/options Mycochrome/ valider le calibrage scanner »

(=> la case « calibré » est autorisée)

 

Dans la fenêtre de dialogue on pourra compléter ou modifier les divers renseignements. (En cas d’oubli, il sera encore possible de le faire ensuite avec un éditeur de texte)

 

3/ Faire « menu/fichier/ sauver les paramètres »

 

 Désormais les mesures seront effectuées en mode calibré par défaut

 

Il vous reste à utiliser les nuanciers calibrés que l’on vous aura envoyés  ou ceux que vous aurez vous-même sauvés

 

Création d’un nuancier

 

Important : si  vous souhaitez créer un nuancier virtuel devant être échangé,  vous devez préalablement avoir étalonné votre scanner.

 

Faire une image du nuancier, en veillant que les paramètre du scanner soient les mêmes que pour le nuancier étalon.

 

Charger l’image et mesurer les différentes plages du nuancier. On choisira une surface de mesure la plus grande possible (1 mesure  par pastille).

 

Ajour de Commentaires : ouvrir la grille  et cliquer dans la zone de commentaire.

La fenêtre qui s’ouvre permet l’entrée au clavier ou le copier/coller.

On peut alors passer d’une ligne à une autre par les flèches d’incrémentation.

 Presser « valider » pour terminer.

 

Sauvegarde du nuancier :

 

Menu Mycochrome/sauver Nuancier.

Entrer les commentaires utiles dans la fenêtre pré remplie  et valider.

Entrer le nom choisi pour le nuancier.

 Le suffixe « Nua » est ajouté automatiquement.

 

Aspect technique des interfaces de mesure

 

Le matériel de mesure :

 

Plusieurs choix  étaient possibles : Spectrophotomètre, colorimètre, APN, Scanner

 Tout d’abord le côté technologique :

Spectrophotomètre :

 

De loin la meilleure et de très loin  la plus chères des solutions.

En général chaque couleur est analysée à travers un réseau de diffraction (par exemple tous les 10 nm sur 38 mesures qui recouvrent largement le spectre du visible) ce qui apporte une grande précision.

 

Nb : Les nuanciers d’étalonnage sont mesurés à l’aide d’un spectrophotomètre professionnel de marque Xrite

 

Colorimètre :

 

Trois couleurs primaires (RVB) sont analysées à travers des filtres colorés.

C’est en général ce qui équipe le sondes d‘écran et les colorimètre de table grand public.

La qualité du résultat dépend  du choix du couple capteur/filtres et est toujours inférieur à celui du spectrophotomètre.

 

 APN  et scanner :

 

La technologie est semblable à celle du colorimètre

 

Le choix de la version 2.04

Pour diverses raisons la première version de Mycochrome utilise une mesure par scanner :

 

* Spectrophotomètre :

Techniquement la meilleure solution, mais trop chère pour un amateur

 

* Colorimètre :

Avantages : fournit  a priori des résultats corrigés et n’a pas à être étalonné (en principe seulement). Le prix est abordable

Inconvénient : l’utilisation est relativement complexe dans l’environnement Mycomètre.

En effet il est nécessaire de développer une procédure spécifique pour chaque marque de colorimètre.

 

* APN :

A priori un APN pourrait très bien être utilisé (après étalonnage) en guise de colorimètre pour effectuer des mesures de couleur. Il y a cependant un inconvénient majeur difficilement contournable : celui de l’éclairage de l’échantillon à mesurer. Les résultats dépendent de la qualité de la lumière, de la position relative de la source de lumière (une sphère d’intégration est pratiquement obligatoire), de l’APN et de l’échantillon.

 

Si l’on souhaite vraiment utiliser un APN, il est impératif d’enregistrer, à chaque fois et exactement dans les mêmes conditions, une image de l’échantillon ET d’un nuancier d‘étalonnage.

 

* Scanner :

Inconvénient : difficilement portable, résultats dépendants de la qualité du scanner, nécessité d’étalonner (une seule fois).

Avantages :

 Les conditions d’éclairement de l’échantillon sont constantes (après attente de mise en chauffe des lampes, pour les scanners anciens).

Interfaçage standard avec Mycomètre (possibilité d’accès direct en mode twain)

Les valeurs qu’il fournit sont en général, selon le modèle, d’une précision suffisante pour le mycologue et sont reproductibles.

 

Applications

 

- Mesures de couleur de sporée

            Résultat en mode RGB ou CieLab* (il y a d’autres repères chromatiques en projet)

            Permet de noter avec précision  une couleur sur une fiche de récolte.

            Le fait de disposer d’un scanner étalonné permettra s de comparer les résultats dans le futur, même si changement de scanner.

-Comparaison de deux sporées

-Comparaison d’une couleur de sporée avec un nuancier

            Un nuancier de référence étant donné (ex : code Romagnesi, Dagron, Seguy  etc..), -Mycochrome trouve automatiquement la valeur du nuancier la plus proche. Les valeurs voisines sont aussi fournies. Plusieurs normes sont disponibles pour effectuer les calculs de distance chromatique.

-Chromatogrammes

            Une application aux chromatogrammes est en cours d’étude

 

Mesures de couleur en mode macrographique.

             En projet

Remarques diverses

 

Stockage

- la charte d’étalonnage sera conservée dans l’obscurité dans un endroit sec. On pourra la sectionner entre deux pastilles si nécessaire, mais on évitera de la plier.

 

- Interface de numérisation

Nous envisageons de tester une mini mire  qui serait photographiée en même temps que le sujet : ainsi on pourra espérer une prise en compte minimum des conditions d’éclairement.

 

- Pour obtenir des mesures reproductibles, il sera utile d’attendre que la lumière du scanner soit bien stabilisée (voir notice de l’appareil)

 

- les fichiers

Après étalonnage, on doit trouver dans le répertoire du programme :

 le fichier étalon     xxx.Etl

le fichier scanner    yyy.Scn

les nuanciers           zzz.Nua              

 

 

Ces fichiers sont dans un format texte. On évitera de les modifier

Les fichiers  SCN et Nua sont élaborés automatiquement  à l’aide de Mycomètre, mais peuvent cependant être composés à l’aide d’un éditeur de texte. Le fichier ETL, dont les données nécessitent l’usage d’un spectrophotomètre sera livré par l’auteur.

 

Il est prévu de disposer de plusieurs fichiers de calibrage : étalon « classique » pour scanner et mini étalons  pour les prises de vues APN  (en prévision).

 

 

- les espaces colorimétriques de Mycochrome

 

 Mycochrome gère plusieurs espaces colorimétriques. Certains sont utilisés dans les diverses procédures de calcul et sont invisibles pour l’utilisateur.

Seuls sont disponibles actuellement les espaces  RVB (données fournies par le scanner) et l’espace CieLab (mieux adapté aux calculs de distance colorimétriques et aux procédures d’ajustement).

Le nuancier de base  a été mesuré avec les valeurs d’illuminant/observateur : D65/10°

 

- créer votre propre  nuancier de calibrage

 

Si vous disposez d’un spectrophotomètre ou si vous estimez que votre scanner, après correction, est correctement étalonné, vous pouvez imprimer et étalonner vous même une charte d’étalonnage (c’est à dire nuancier  + fichier de mesures correspondant)

 

 Le nuancier aura une forme rectangulaire[2] et sera constitué de pastilles également rectangulaires juxtaposées, de dimensions identiques (au plus 255 pastilles dans la version

2.03). La lecture s’effectuera de gauche à droite et de haut en bas (comme le nuancier d’étalonnage fourni par l’auteur).

 

Une découpe en biseau en haut et à gauche permet de repérer la première pastille.

(Ou éventuellement un point de couleur contrastée).

 

 

 

Format du fichier d’étalonnage

 

Le fichier d’étalonnage est un fichier texte et  doit avoir le format suivant :

 

* commentaires divers, date

Image de référence chargée :  xxx

SCANNER=

RESOLUTION=

LUMINANCE=

CONTRASTE=

NOTES=

FINNOTES

REM= les lignes suivantes ne doivent pas être modifiées !

N°;R;V;B;L;a;b;S;comment;

NBMESURES =xxx

LISTE=

Liste des mesures au format CSV ( ;)

1;57;57;59;23.92;0.7;-1.84

2;122;131;137;54.21;-1.65;-4.99

Etc..

(On pourra aussi utiliser les fichiers de démonstration pour copier la syntaxe)

 

 

- Vérifier les dérives de votre scanner

 

Charger l’image du nuancier d ‘étalonnage

Effectuer la mesure d’une pastille quelconque

Décocher l’option « calibré »

Effectuer la mesure de la même pastille

Comparez dans la grille la différence entre les résultats.

 

Recommencer pour d’autres couleurs.

Les différences peuvent varier  selon les couleurs car les capteurs du scanner n’ont pas une réponse uniforme dans la bande de fréquences. Ceci n’influe pas sur le résultat des mesures en mode calibré.

 

Il est conseillé de re-étalonner le Scanner de temps à autre, principalement s’il est à éclairage à tube fluo (anciens

 

 

……………..

Fichiers joints :

 

etalon dec 09 d65-10.etl   : ce fichier  est associé au nuancier couleur qui sera envoyé par voie postale

 

Les trois fichiers suivants sont des fichiers d’essai. Ils ne peuvent être utilisés que pour des simulations.

 

etalon-24 coul.jpg : scan du nuancier étalon

Scan7030.scn         : fichier du scanner utilisé pour le scan ci-dessus

Dagron-essai.Nua   : fichier nuancier de référence  provisoire ( non calibré, seulement pour les essais)

 

 

 

Autre nouveautés de la version 2.04 :

 Tracé de barre de références verticales ou obliques

Appel dans outils/illustrer

 

Clic gauche et relâcher pour une barre verticale

Clic gauche et tirer dans la direction choisie pour la barre oblique

La fenêtre de dialogue propose le texte « mm »  (bouton.)

Possibilité de déplacement des fenêtres de dialogue

 clic gauche dans la fenêtre et tirer.

 

 

Comparaison visuelle des résultats :

En mode RVB, 2 échantillons sont affichés dans la fenêtre d’ajustement.

Le premier  affiche la couleur à ajuster (moyenne ou autre), la seconde affiche la dernière couleur trouvée dans le nuancier. Notez que l’écran n’est pas toujours en mesure d’afficher correctement les couleurs à partir des composantes (c’est à dire qu’une couleur pourra paraître identique alors qu’elle est classée au 3 ou 4ème rang des écarts)

 

 

 

 

Mycochrome : table des matières

 

Introduction. 1

L’interface Mycochrome. 1

Mesures en mode non calibré. 2

Ajustement 2

Mesures en mode calibré. 3

Espaces colorimétriques. 3

L’espace RVB.. 3

Intérêt de l’espace colorimétrique  « Cie Lab ». 3

Principe du calibrage de l’appareil de numérisation. 3

Eléments de la chaîne de numérisation des  couleurs. 5

Etalonnage du scanner 5

Premier étalonnage du Scanner 5

Etalonnage complémentaire. 6

Choix du fichier scanner 6

Ajustement 6

Comparaison entre sporées : 9

Copie des résultats. 9

Détails nuancier. 9

Création d’un Nuancier virtuel 9

Vérification des fichier couleur actifs. 10

Utilisation d’un nuancier existant : 10

Création d’un nouveau nuancier : 10

Commentaires. 10

Résumé. 11

Préparation des sporées. 11

Exercices de prise en main. 12

Mesures non calibrées : 12

Mesures calibrées : 12

mise en oeuvre des chartes d’étalonnage couleur 12

Création d’un nuancier 13

Sauvegarde du nuancier : 13

Aspect technique des interfaces de mesure. 13

Le matériel de mesure : 13

Spectrophotomètre : 14

Colorimètre : 14

APN  et scanner : 14

Le choix de la version 2.04. 14

Applications. 15

- Mesures de couleur de sporée. 15

-Comparaison de deux sporées. 15

-Comparaison d’une couleur de sporée avec un nuancier 15

-Chromatogrammes. 15

Mesures de couleur en mode macrographique. 15

Remarques diverses. 15

Stockage. 15

- Interface de numérisation. 15

- les espaces colorimétriques de Mycochrome. 16

- créer votre propre  nuancier de calibrage. 16

Format du fichier d’étalonnage. 16

- Vérifier les dérives de votre scanner. 17

Fichiers joints : 17

 

 



[1] Voir plus loin les différences fondamentales entre les divers appareils de mesure

[2] Le format  proposé est impératif compte tenu de applications qui sont actuellement en projet.

scanners)