Mycoclé pour les nuls …

et pour les autres …

 

Mycoclé

Logiciel de navigation dans les clés dichotomiques

Télécharger et exécuter Mycocle_inst.exe 

http://mycolim.free.fr/DOC_SML/mycoCLE/Charg_Mycocle.htm

 

L’installation est automatique.

 

Zone de Texte:  NB : Sous Vista ou W7  il est préférable de faire l’installation en mode Administrateur

 

Lancement

Une liste de clés est proposée par défaut  (la modification du fichier par défaut est possible  simplement)

- Propositions -1

- Historique des choix -2

- Historique des sections / Fenêtre traduction -3

- Liste des espèces / Liste des sections -4

- Chargeur des clés en cours -5

- Fenêtre résultat -6

 

Recherche élémentaire pas à pas

Exemple :

 

>Double clic sur (1) « Clé simplifiée inspirée de l'ouvrage de Phillips »

>Continuer la recherche en validant  par exemple les dernières propositions de la liste

On obtient dans la fenêtre (6): « Hypholoma , Stropharia et proches »  et dans (2) l’historique des différentes propositions de la clé qui ont amené ce résultat :

° Champignons à lamelles, pied central et spores brun-pourpre à noir

° Non déliquescent

° Pas très cassants/fragiles

° Lames non tachetées              

° Lames pas très décurrentes

° Sans anneau persistant mais parfois des restes de voile sur le pied, lames adnées

°  Spores brun-pourpre

Zone de Texte:

En cas de doute, il est possible, à chaque pas, de revenir en arrière en pressant le bouton « <= » puis de choisir une autre proposition.

 

 A chaque validation d’un choix, la liste des espèces (4) satisfaisant aux conditions validées est recalculée et affichée. Il en est de même pour la liste des sections (il n’y en a pas dans cet exemple simple)

 

 

>Faire RAZ (= « Remise A Zéro ») pour afficher la liste complète (4) des espèces prévues par la clé en cours

>Dans (4) Cliquer sur « Agrocybe » : dans l’historique (2) s’affiche la liste des choix de la clé qui amènent à cette espèce.

 

 

Chargement d’une autre clé

Par défaut les clés sont stockées dans le répertoire Mycocle\donnees (modifiable).

> Faire « fichier/ouvrir »

 

 

Clés disponibles

à télécharger sur http://mycolim.free.fr/DOC_SML/mycoCLE/cles_div/

vers le répertoire de votre choix .

Pour déplacer la clé dans le répertoire « \donnees » de Mycomètre  on peut simplement

-faire « fichier/ouvrir »

-glisser la clé depuis le répertoire de stockage vers la fenêtre ouverte.

 

(Nb : avec W7 cette méthode évite d’avoir à autoriser l’opération)

 

A partir de l’explorateur, il suffit de cliquer sur le fichier  « xxxx.cle » pour ouvrir Mycoclé.
plusieurs sessions de Mycoclé peuvent être lancées en même temps (pour comparer des clés , par ex.)

 

 

Fonctions avancées

 

Options d’affichage

- Dans « paramètres », on peut choisir la taille de la police

- Lorsque les descriptions sont très longues : marquer la proposition, puis clic droit pour ouvrir une fenêtre d’édition plus grande (noter que cette même fenêtre peut être utilisée pour copier le texte de la proposition). Fermeture par  clic gauche.

- la fenêtre de Mycoclé s’ouvre en plein écran. On peut la réduire et la repositionner.

 

Affichage des sections

Si la clé le prévoit, le nom des sections, sous-sections etc.. s’affiche dans la fenêtre (3)

 

Chargeur de clés

La liste des clés chargées lors d’une session s’affiche dans la fenêtre (5)

Pour rappeler une clé préalablement chargée, il suffit de cliquer sur le nom de la clé

 

Figures, documentations et autres fichiers

Si la clé le prévoit, Mycoclé permet l’affichage de croquis, photos, documentation, site web, autre clé (c’est ainsi qu’est conçue la clé Defaut.CLE livrée en exemple)  et même de lancer un exécutable : en fait tous les fichiers reconnus par windows.

 

L’exécution de ces fichiers externes est automatique par défaut. On peut l’interdire en décochant « exec auto » dans le menu « options »

Exemple :  dans « corticiés_JCV.cle » ou dans « geopora_Dougoud.cle » différentes planches sont disponibles.

 

Certains utilisateurs ont conçu, grâce à Mycoclé, de véritables « dossiers » complets, par groupe d’espèces, contenant toutes les clés disponibles sur le groupe, les images, les documentations, les liens Web.

Nb : il n’est malheureusement pas possible de distribuer ces réalisations pour des raisons de limitation des droits d’auteurs des diverses documentations incluses.

 

Rappel d’une session précédente interrompue

Hypothèse : vous avez bien avancé dans votre recherche, mais n’avez pas terminé.

Quittez votre session par « fichier /quitter »

Lors de nouvelle ouverture de  Mycoclé faites  « fichier/session précédente »

 Mycoclé reprend la recherche là ou vous l’aviez laissée (même clé et même position)

NB : le point de recherche n’est pas modifié si vous quittez par le «  X » de la fenêtre (en haut à droite)

 C'est-à-dire par exemple

Travail sur la clé des entolomes, sortie  par « fichier /quitter »

Nouvelle ouverture de Mycoclé et travail sur les géopora, sortie par X

Ouverture de Mycoclé  avec « fichier/session précédente »

 La clé des entolomes est reprise à la page des description où vous l’aviez laissée

 

Entrée par espèce voisine

  Supposons que l’espèce à déterminer semble voisine d’une espèce connue. Il est souvent intéressant d’afficher l’historique de cette espèce, puis remonter dans la clé (bouton <= )  jusqu’à trouver le choix qui distingue la nouvelle espèce.

 Exemple : clé des coprins de  Uljé

On a trouvé une espèce faisant penser à Coprinus cinereus

Dans la liste  (4),  Clic sur  C. cinereus puis  « <= »

On obtient l’alternative suivante

Veil with one kind of elements, sausage-shaped in chaines; pileus up to 30 mm when expanded; number of lamellae > 35; spores 8.4--11.8 x 5.8--7.8 µm:

Veil with two kinds of elements; pileus up to 12 mm when expanded; number of lamellae < 30; spores 7.3--10.7 x 4.8--7.2 µm:

Zone de Texte:  Et les possibilités : C. candidolanatus et  C. cinereus

 

Entrée par section

Exemple : alnicola_pam_2007.cle

Cliquer sur « section »   au-dessus de  (4) puis clic sur « sect. Amarescens »

On vérifie dans l’historique les propositions qui amènent à  sect. Amarescens, puis on continue la recherche dans la clé.

 

Zone de Texte:  Entrée par mot clé

Exemple : clé des alnicola

>Presser « mot clé »

> entrer dans la première ligne « saveur »   er « amère » dans la seconde

> cocher l’option « ET »

Mycoclé propose 4 choix .

Marquer par exemple la dernière proposition puis presser « valider » : Mycoclé propose 3 espèces  répondant à ce critère.

 

Traducteur (nécessite une connection à un serveur internet)

Exemple : coprins de Uljé

> ouvrir la clé

> presser « traduction » : une fenêtre s’ouvre  en dessous de l’historique

> choisir « anglais » «  et  cocher « automatique » ( NB : le premier choix possible est »détection automatique »)

> presser  «traduire »

> commencer vos choix dans la fenêtre (1) : toutes les propositions de la fenêtre (1) sont traduites dans la fenêtre inférieure.

> cocher  « historique» : la traduction s’applique alors à la fenêtre de l’historique.

Zone de Texte:

 

 

 

 

 

 

 

 

 

NB :

- la qualité de la traduction dépend beaucoup de la qualité sémantique de la clé d’origine.

- la première traduction peut sembler un peu lente (selon serveur). Les traductions suivantes sont beaucoup plus rapides

-la langue de l'utilisateur est sauvée dans le fichier .ini (faire "options/sauver les options")

-si la directive de la langue source a été déclarée dans la clé, la langue est automatiquement adaptée au chargement.

Il est très simple d'ajouter la directive de langue dans les clé existantes (avec Notepad).

Syntaxe de la directive (exemple) : REM$LANGUE$Danoiss

 

Documentation personnelle

Il est supposé que vous disposez d’une documentation personnelle sur votre machine ou sur un disque USB ( en Pdf, Doc , Xls , images etc …)

Presser le bouton « Doc » pour chercher l’espèce trouvée dans les noms de fichiers de votre documentation personnelle.

Attention : il faut au préalable valider les options « répertoire documentation » et « configurer documentation »

 

Outils externes (nécessite une connection à un serveur internet)

Google :cherche l’espèce désignée dans la fenêtre (6) parmi les images de Google

Exemple  « « Crepidotus Consiglio&Setti.cle » :  clic sur   C. cesatii puis presser « Google »

 

MycoDB

Même exemple, presser sur MycoDB (en collaboration avec MycoDB)

 

INPN :

Même exemple, presser sur INPN (en collaboration avec MycoDB)

Mycoclé cherche C Cesatii  dans l'Inventaire National du Patrimoine Naturel

 

Myco France :

 Presser « Myco France » pour accéder à la recherche bibliographique de la SMF.

A noter que le serveur Mycofrance ne permet pas actuellement d’insérer automatiquement les paramètres, il vous faut donc faire un couper/coller pour renseigner la case ‘espèce’ avec Cesatii

 

Bibliograhie de Jacques Trimbach  disponible via MycoDB

 

 

Création d’une clé

 

La syntaxe du format CLE a été étudiée pour être facilement utilisée sans aucun logiciel spécifique.

Il suffit d’un éditeur de texte quelconque ( notepad, word ..) pour éditer une clé.

La syntaxe est très simple et est décrite dans l’aide de Mycoclé (quelques améliorations ont été apportées depuis la publication de cette aide, mais sans incidence sur le fonctionnement des clés)

On pourra s’inspirer des clés existantes.

 

Les logiciels Moduloclé et Moduloclé2 (Hervé Deconchat) sont des outils efficaces et performants pour adapter facilement une clé existante.

 

Le menu Outils

 

La fonction « mise au point » permet de déceler et situer la plupart des erreurs de conception de la clé.

Elle permet aussi d’appeler l’éditeur et de renuméroter une clé. Voir la documentation de Mycoclé.

 

Clés codées

Pour satisfaire les exigences de quelques auteurs, certaines clés peuvent être cryptées.

Les clés cryptées ne sont pas utilisables avec la version de démonstration. Ces clés ne peuvent pas être utilisables sans le logiciel Mycoclé (l’affichage ou l’impression du fichier ne permet pas de reconstituer les liens).

 

Autres options

Les menus principaux proposent diverses options très simples qui ne sont pas décrites ici.

 

Remarques diverses

- On peut évidemment installer Mycoclé sur un autre disque que le disque par défaut. On pensera alors à redéfinir le répertoire des données par défaut.

- Sous w7 un utilisateur a eu des difficultés pour utiliser le traducteur. Il semble qu'il a résolu le problème en faisant "clic droit puis résoudre les problèmes de compatibilité".